המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים, הידוע יותר בשמו המקוצר: המוסד, הוא ארגון במערכת הביטחון הישראלית ואחד מהגופים החברים בקהילת המודיעין הישראלית. המוסד הוא ארגון הביון של ישראל, הממונה על איסוף מידע מסוג מודיעין אנושי ומשימות הפקת מודיעין חשאיות מחוץ לגבולות המדינה, דיפלומטיה חשאית, תפקידים מיוחדים וסיכול יעדים אזרחיים וצבאיים של האויב (למוסד מיוחסות התנקשויות בשורה של מחבלים בכירים בארגוני טרור שנלחמים נגד ישראל ופעולות נגד תוכנית הגרעין האיראנית). בניגוד לצה"ל ולשירות הביטחון הכללי – יעדיו, מבנהו וסמכויותיו של המוסד אינם מוסדרים בחוק יסוד, בחקיקה ראשית או משנית. פעילותו כפופה לנהלים שלא פורסמו מעולם. המוסד כפוף למשרד ראש הממשלה.
החותם הפדרלי של ישראל
השירות החשאי פועל מאז 1949
איסוף חשאי של מידע מחוץ לגבולות המדינה. סיכול פיתוח נשק בלתי קונבנציונלי על ידי מדינות עוינות והצטיידותן בו. סיכול פעילות חבלנית במטרות ישראליות ויהודיות בחו"ל. פיתוח קשרים חשאיים מיוחדים, מדיניים ואחרים, מחוץ למדינה ואחזקתם. העלאת יהודים ממקומות שהעלייה מהן אינה מתאפשרת באמצעות מוסדות העלייה המקובלים של מדינת ישראל. הפקת מודיעין אסטרטגי, מדיני ואופרטיבי. ביצוע מבצעים מיוחדים מחוץ לגבולות מדינת ישראל
המוסד מחולק לאגפים המורכבים מיחידות ומחטיבות. מלבד האגפים המנהלתיים מרוכזת רוב העבודה באגפים המבצעיים. בתקופת כהונתו של מאיר דגן נערכה רפורמה בארגון המוסד והוא חולק לשתי מנהלות. המנהלה המבצעית שכוללת את כל האגפים והיחידות המבצעיות (קיסריה, נביעות, צומת, תבל, אגף המודיעין ויחידות טכנולוגיות), ומנהלת המטה בה כלולות היחידות שעוסקות בתכנון, משאבי אנוש, לוגיסטיקה ועוד. האגפים המבצעיים במוסד הם: תבל (נקרא גם "קיסרות" ו"קוסמוס") – האגף שמופקד על הקשרים המודיעיניים והדיפלומטיים. האגף מקיים קשרי עבודה קבועים עם גופי מודיעין מקבילים של מדינות אחרות. שיתופי פעולה אלו כוללים בדרך כלל החלפת ידיעות ותיאום איסוף. בנוסף, אחראי האגף על טיפוח קשרים דיפלומטיים עם מדינות שאין להן באופן רשמי יחסים דיפלומטיים עם ישראל. בין מפקדי האגף: יעקב כרוז, דייב קמחי, נחום אדמוני, אפרים הלוי, אהרון שרף, נחיק נבות, יורם הסל, יצחק ברזילי, דוד מידן, חיים תומר, דייוויד זילברג. צומת (נקרא בעבר גם "מלוכה") – האגף שמפעיל את קציני האיסוף ואת רשת הסוכנים של המוסד ברחבי העולם. במרוצת השנים פיקדו על האגף מרדכי אלמוג, שמואל טולידאנו, רחביה ורדי (1963–1972), יקותיאל אדם (1972–1973),[5] מיכאל כהנוב, אבי דגן, יחיעם מרט, אילן מזרחי, נפתלי גרנות (2002–2005), יוסי כהן (2006–2011) ודוד ברנע (2013–2019). קיסריה (בעבר נקרא "מפרץ", שאוחד ב-1963 עם יחידה 188 של אמ"ן, ולאחר מכן כונה גם "מצדה", ו"קוממיות") – אגף המבצעים המיוחדים של המוסד. הוא כולל יחידות לוחמות, בהן יחידת החיסולים "כידון" במרוצת השנים פיקדו על האגף יצחק שמיר (מפקד מפרץ), יוסף יריב (מפקד 188 ולאחר האיחוד מפקד קיסריה), צבי אהרוני, מייק הררי (1970–1980), שבתי שביט (1980–1985), שלמה גל, נחמיה מאירי, משה (קוקלה) לוין, חגי הדס, אהוד לביא, חגי גילן. כידון – על פי דיווחים בעיתון הבריטי דיילי טלגרף, יחידה זו, שבסיסה בנגב, מונה כ-40 לוחמים ולוחמות, דוברי שפות זרות, המתמחים בשיטות הריגה שונות, ואחראים לפעולות הריגת אויביה של מדינת ישראל במדינות חוץ. לפי ספרם של דן רביב ויוסי מלמן "מלחמות הצללים" (Spies Against Armageddon), לוחמי היחידה מילאו "תפקיד נועז" במבצע לתקיפת הכור הגרעיני בסוריה.[11] נביעות (בעבר נקרא "קשת") – אחראי על השגת מודיעין באמצעים אלקטרוניים, בכלל זה על ידי הטמנת אמצעי ציתות והאזנה, וכן פריצה על ידי מנעולנים מומחים ופורצי כספות.[12] היחידה הייתה בעבר חלק מאגף צומת. וב-1971, בתקופתו של צבי זמיר כראש המוסד הופרדה. בין היתר פיקדו על האגף צבי מלחין, שמואל גורן בני זאבי, מיכאל כהנוב, תמיר פרדו, רם בן ברק. מנהלת המודיעין (בעבר אגף המחקר וקודם לכן יחידת "מאחז") – אחראית על גיבוש תמונת המודיעין האסטרטגית ברמה הלאומית ומודיעין לכל מבצעי המוסד. המנהלה כוללת את חטיבת המחקר, שמבצעת הערכה מדינית ומחקר ארוך טווח על יעדי המוסד. בין היתר פיקדו על האגף דוד ארבל (ראש יחידת מאחז), יצחק אורון, אורי חן, אורי נאמן, עוזי ארד, אילן מזרחי, אמנון סופרין, חיים תומר, זוהר פלטי. אגף הלוחמה בטרור – אגף העוסק בסיכול פח"ע. צפרירים – אגף העוסק בהגנה על יהודים באשר הם ובהעלאתם לישראל. בעבר יחידת ביצור שפעלה למען העלאת יהודים ממדינות ערביות ומוסלמיות, ובתחום אבטחתם של יהודים ומוסדות יהודיים ברחבי העולם. בין מפקדי ביצור: שמואל טולידאנו, אהרון שרף, שלמה גל, אפרים הלוי. אגף הטכנולוגיה – הוקם בתקופתו של צבי זמיר כיחידת "פרודות" במטרה לספק מענה זמן אמת למבצעים. יחידת עילית טכנולוגית, העובדת בצמידות עם הגורמים המבצעיים במוסד ותפקידה לפתח אמצעים טכנולוגיים מתקדמים המשפרים את יכולתו המבצעית של המוסד ולספק מענה טכנולוגי לצרכיו. בנובמבר 2021, דווח על תוכנית ארגון מחדש אשר תתמקד בטכנולוגיה, סייבר ובינה מלאכותית. אגף הסייבר – הוקם ב-2021 עם תחילת כהונתו של דדי ברנע כראש המוסד. יחידת "צלצל" – יחידה שנועדה לסכל טרור באמצעים כלכליים ופעלה לחיסול התשתיות הפיננסיות של ארגוני הטרור. בראש היחידה עמד אודי לוי עד סגירתה ב-2016. מערכת איראן – אחראית על האסטרטגיה של המוסד בהתמודדות עם האיום האיראני
בשנים 1956–1962 פעל המוסד באמצעות סוכניו להעלאת יהדות צפון-אפריקה במדינות: מרוקו, תוניסיה ואלג'יריה. שליחי המוסד פעלו במקביל להקמתם של ארגוני "המסגרת", שפעלו לאימון צעירים וצעירות מקרב הקהילות היהודיות ככוח המגן של הקהילות. באותן השנים קיבלו מרוקו ותוניסיה את עצמאותן משלטון המנדט הצרפתי, ובאלג'יריה, שהייתה חלק מהטריטוריה הצרפתית מעבר לים, התחוללה מלחמת העצמאות עקובה מדם נגד שלטון צרפת. לאור המצב הגאו-פוליטי החדש בצפון אפריקה ראה ראש הממשלה דוד בן-גוריון חשיבות ראשונה במעלה בהעלאתן של קהילות ישראל אלו לארץ, ובד בבד אספקת אנשים, אמצעים, ידע והדרכה להגנה על אותן קהילות, שחיו בליבן של אוכלוסיות מוסלמיות עוינות. המשימה הוטלה על המוסד. שליחי המוסד בצפון אפריקה היו לרוב יוצאי "ההגנה" וצה"ל בעלי ניסיון קרבי עשיר. הקמת ארגוני "המסגרת" כללה: מיון וגיוס צעירים ציוֹנים מקרב הקהילות, אימונם בנשק ובלוחמה עירונית, הסלקת אמצעי לחימה ואמצעי קשר, העברת תשדורות בצפנים ועוד. להישג של המוסד נחשבת גם פרשת יוסל'ה שוחמכר, שהסעירה את הארץ בראשית שנות ה-60. שוחמכר נחטף בינואר 1960 על ידי סבו החרדי, נחמן שטרקס, מידי הוריו החילונים, הוברח לארצות הברית כדי לגדלו כחרדי וכל החיפושים אחריו עלו בתוהו. הפרשה הביאה לקיטוב ולאיבה רבה בין דתיים וחילונים (זכורה "קריאת הקרב" שנקראה אחר חרדים בעוברם ברחוב – "איפה יוסל'ה"). הפרשייה צברה תאוצה עד כדי כך שראש הממשלה הטיל על "המוסד" לאתר את יוסל'ה. "המוסד" הצליח במשימה, וביולי 1962 גילו סוכניו את הילד בשכונה חרדית בניו יורק. הילד שב לחיק הוריו, אירוע שזכה לתגובה נלהבת של דעת הקהל בישראל. הישג נוסף בעל חשיבות היסטורית הוא גילוי מקום המסתור של אדולף אייכמן, ראש המחלקה היהודית בגסטפו, איש הביצוע בארגון השמדת יהודי אירופה על ידי הנאצים. אייכמן הצליח להימלט ולהיעלם בתום מלחמת העולם השנייה למשך חמש עשרה שנה. הוא התגלה על ידי המוסד בארגנטינה ונלכד בפעולה מורכבת, בפיקודו האישי בשטח של הראל, ב־11 במאי 1960. אייכמן הובא לישראל ב־21 במאי 1960 כדי לעמוד לדין במשפט אייכמן הפומבי ההיסטורי, שבו נדון למוות, והוצא להורג בתלייה ב־31 במאי 1962. מאמצים דומים שהשקיע המוסד באיתור יוזף מנגלה, המכוּנה "מלאך המוות", הרופא ממחנה ההשמדה אושוויץ, עלו בתוהו, ומקום הימצאו בברזיל התפרסם רק לאחר מותו. בחודש יולי 1962 התפרסמה ידיעה על ניסוי טילים שנערך במצרים, ובמצעד של יום מהפכת הקצינים החופשיים ב־23 ביולי הוסעו טילים על גוררות. המצרים טענו כי אלו טילים מייצור עצמי מצרי וכי הטווח שלהם הוא עד "דרומה לביירות". המוסד החל לחקור את עניין היכולת המצרית בתחום הטילים והנשק הלא קונבנציונלי, וטען כי יש ממש בידיעות בדבר פיתוחו של נשק כזה. במקביל החלה להתחולל שורת אירועים: אחד המדענים הגרמנים במצרים נעלם, ואל כמה מן האחרים הגיעו מעטפות נפץ. שני שליחי המוסד, יוסף בן גל, ואדם בשם אוטו יוקליק, שבתחילה היה אחד מן המדענים אך חזר בו, ניסו להשפיע על בתו של אחד המדענים הגרמנים במצרים כי תשכנע את אביה להסתלק ממצרים. שני הסוכנים נעצרו בשווייץ, נשפטו ונדונו לעונשי מאסר קלים, אך משפטם הפנה את תשומת הלב אל המדענים הגרמנים במצרים ולמסע המתנהל נגדם על ידי "המוסד" (מבצע "דמוקלס"). ראש הממשלה בן-גוריון לא קיבל את הערכת "המוסד" כי ישנה סכנה ממשית של פיתוח מערכות נשק מתקדמות במצרים, והתבסס בכך על דו"ח של אמ"ן. איסר הראל טען כי דו"ח זה היה דו"ח מוזמן, שמטרתו לתמוך בעמדת בן-גוריון. הוויכוח בין הראל לבן-גוריון עורר סערה ציבורית בישראל. ב־1 באפריל 1963 התפטר איסר הראל מתפקידו כממונה על שירותי הביטחון. על פי פרסומים נבעה התפטרותו מהתנגדותו להוראה שקיבל מבן-גוריון לחדול מן הפעילות נגד המדענים הגרמנים במצרים. בראייה היסטורית התברר כי עמדתו של דוד בן-גוריון, שהתבססה על דו"ח אמ"ן, הייתה הנכונה, ולא זו של איסר הראל והמוסד: טילים בליסטיים מייצור עצמי לא נמצאו בידי מצרים בשתי המלחמות שהתחוללו לאחר מכן בינה לבין מדינת ישראל, מלחמת ששת הימים בשנת 1967 ומלחמת יום הכיפורים ב־1973. שני מרגלים ידועים של המוסד שפעלו בארצות ערב בתחילת שנות השישים היו אלי כהן, שהיה בדמשק מינואר 1962 ועד לכידתו בידי הסורים בינואר 1965[26] והמרגל וולפגנג לוץ שהיה בקהיר ונלכד אף הוא בתקופה זאת. (שניהם התחילו את שליחותם כאנשי אמ"ן, אך ההפעלה של מרגלים עברה לידי המוסד). הריגתו של הרברט צוקורס הנאצי, רוצח יהודי לטביה, באורוגוואי ב-1965, מיוחסת למוסד
